ウイニングイレブン６ -隠し要素-
隠しチーム
| チーム名 | 出現条件 |
| ユーロオールスターズ | インターナショナルカップで優勝する。 |
| ワールドオールスターズ | インターナショナルリーグで優勝する。 シーズンはフル・ハーフどちらでもよい。 |
| イングランドクラシックス | イングランドでヨーロッパカップを優勝する。 |
| フランスクラシックス | フランスでヨーロッパカップを優勝する。 |
| オランダクラシックス | オランダでヨーロッパカップを優勝する。 |
| イタリアクラシックス | イタリアでヨーロッパカップを優勝する。 |
| ドイツクラシックス | ドイツでヨーロッパカップを優勝する。 |
| ブラジルクラシックス | ブラジルでアメリカカップを優勝する。 |
| アルゼンチンクラシックス | アルゼンチンでアメリカカップを優勝する。 |
※全て、試合時間とレベルは関係なし。
クラブチーム編集に実況チーム名が追加
コナミカップをクラブチームで優勝するとエディットモード内の
クラブチーム編集の「？？？」の項目のところが「実況チーム名となり」
設定が可能になる。
※大会形式、チーム数、試合時間、レベルは関係なし。
マッチモードにマスターリーグデータ対戦追加
マスターリーグのディビジョン１で優勝するとマッチモードに
マスターリーグ対戦が追加される。
チャレンジキング
チャレンジトレーニングで６種目全てランクインすると、
チャレンジキングが追加される。
隠し選手
（１）マスターリーグのディビジョン１で１回優勝する毎に隠し選手が１２人追加される。
（全部で３５人）
（２）チャレンジトレーニングの各種目でFANTASTICを出すと隠し選手が追加される。
（FANTASTICは各種目で１１００点で出る。チャレンジキングのみ５５００点）
Ｓｅｃｒｅｔ Ｐｒｅｓｅｎｔｓ
日本でアジアカップを優勝するとＳｅｃｒｅｔ Ｐｒｅｓｅｎｔｓが表示され、文字の列が出てくる。
これは日本の選手の容姿データを修正するためのもので、
Ｊは日本を意味していて、次の数字は背番号、
カッコ内は左からフェイスタイプ、フェイスサイズ、ヘアスタイル、ヘアカラー、
バンダナの色、ひげ、ひげの色を意味している。
わかりやすいように下の表にまとめました。
| 選手名 | 背番号 | フェイスタイプ | フェイスサイズ | ヘアスタイル | ヘアカラー | バンダナの色 | ひげ | ひげの色 |
| 曽ヶ端 準 | 20 | 55 | 3 | 4 | 8 | 1 | -- | 8 |
| 中田 浩二 | 16 | 10 | 3 | 37 | 12 | 1 | -- | 12 |
| 宮本 恒靖 | 17 | 29 | 3 | 22 | 11 | 1 | 19 | 9 |
| 森岡 隆三 | 4 | 35 | 4 | 35 | 11 | 1 | -- | 11 |
| 波戸 康広 | 2 | 31 | 3 | 37 | 11 | 1 | -- | 11 |
| 稲本 潤一 | 5 | 19 | 4 | 17 | 16 | 1 | -- | 16 |
| 戸田 和幸 | 21 | 33 | 4 | 3 | 8 | 1 | 12 | 9 |
| 小野 伸二 | 12 | 24 | 4 | 5 | 8 | 1 | -- | 8 |
| 森島 寛晃 | 8 | 18 | 3 | 21 | 9 | 1 | -- | 9 |
| 高原 直康 | 19 | 15 | 3 | 2 | 8 | 1 | 8 | 8 |
| 柳沢 淳 | 13 | 11 | 3 | 22 | 12 | 1 | -- | 12 |
| 服部 年宏 | 6 | 38 | 4 | 35 | 13 | 1 | -- | 13 |
| 大岩 剛 | 3 | 39 | 4 | 32 | 9 | 1 | -- | 9 |
| 伊東 輝悦 | 14 | 34 | 3 | 4 | 9 | 1 | 56 | 10 |
| 明神 智和 | 23 | 27 | 3 | 21 | 11 | 1 | 56 | 10 |
| 奥 大介 | 15 | 2 | 4 | 43 | 15 | 1 | -- | 15 |
| 中田 英寿 | 7 | 5 | 4 | 19 | 13 | 1 | 12 | 7 |
| 中村 俊輔 | 25 | 12 | 4 | 34 | 8 | 1 | -- | 8 |
| 中山 雅史 | 11 | 3 | 4 | 68 | 8 | 1 | -- | 8 |
| 鈴木 隆行 | 9 | 23 | 3 | 37 | 20 | 1 | -- | 20 |
| 西澤 明訓 | 22 | 28 | 3 | 4 | 8 | 1 | -- | 8 |
| 南 雄大 | 18 | 22 | 3 | 19 | 9 | 1 | -- | 9 |
| 川口 能活 | 1 | 36 | 5 | 21 | 9 | 1 | -- | 9 |
| 都築 龍太 | 26 | 20 | 4 | 37 | 14 | 1 | 12 | 9 |
| 楢崎 正剛 | 27 | 7 | 3 | 38 | 10 | 1 | -- | 10 |
| 松田 直樹 | 28 | 6 | 4 | 38 | 8 | 1 | -- | 8 |
| 上村 健一 | 29 | 25 | 4 | 66 | 16 | 1 | 17 | 9 |
| 秋田 豊 | 30 | 45 | 4 | 21 | 8 | 1 | -- | 8 |
| 福西 崇史 | 33 | 46 | 4 | 19 | 10 | 1 | -- | 10 |
| 名波 浩 | 10 | 1 | 3 | 35 | 10 | 1 | -- | 10 |
| 三浦 淳宏 | 32 | 14 | 3 | 33 | 10 | 1 | 12 | 11 |
| 廣山 望 | 24 | 32 | 4 | 17 | 8 | 1 | 11 | 9 |
| 本山 雅志 | 35 | 43 | 3 | 37 | 8 | 1 | -- | 8 |
| 藤田 俊哉 | 34 | 4 | 3 | 39 | 8 | 1 | -- | 8 |
| 藤本 主税 | 31 | 26 | 3 | 21 | 14 | 1 | 20 | 11 |
| 山下 芳輝 | 36 | 13 | 3 | 31 | 18 | 1 | -- | 18 |
| 久保 竜彦 | 37 | 16 | 3 | 4 | 8 | 1 | 27 | 9 |
| 吉原 宏太 | 38 | 44 | 4 | 31 | 13 | 1 | -- | 13 |